1997年5至8月对黑河（中）流域河道、湖泊、沼泽的10站位的调查中，共鉴定浮游植物8门109种（未鉴定到种的按1种计），其中蓝藻（Cyanophyta）16tkhh,bqvnaiks(Cryptophyta)2种，甲藻（Pyrrophyta)3种，金藻（Chrysophyta)4种，黄藻（Xanthophyta)4种，裸藻（Euglenophyta)8种，绿藻（Chlorophyta)38种，硅藻（Bacillariophyta)34种。南部祁连山山区的浮游植物种类很贫乏。中下游诸点有黑河流域浮游植物全部属、种，故可以认为黑河流域浮游植物地理分布具有与河流水文分带相对应的垂直地理性分异。