采用RAPD技术对蒙古冰草（Agropyron mongolicum Keng)6个天然居群和2个栽培品种（系）的45个个体进行了遗传多样性检测。17个引物共检测到101个位点，其中多态位点81个，占80.2%，相对于其它小麦族植物，显示出了较高的遗传多样性，多样性指数（DC）分析的结果表明，遗传多样性在居群内和居群间的分布存在不均衡现象，但总体来看，居群内的遗传变异高于居群间，这是由蒙古冰草异花，风媒传粉的外繁育系统所决定的，在天然居群与栽培品种（系）间，前者的DC值为0.250，后者的DC值为0.181，而且前者的平均遗传距离（0.290)也高于后者（0.213)，表明天然居群间的遗传分化大于栽培品种（系），这与天然居群间环境的异质性密切相关，同时也反映了栽培品种（系）间较近的亲缘关系，UPG-MA聚类分析的结果表明，8个居群基本上可被分为与其生境特点及生长条件相适应的3个类群，反映了自然选择及人工选择对居群间遗传分化的巨大影响。