皖南齐云山区地处中亚热带，自然条件较为优越。蕨类植物丰富，初步统计显示，该山区共有蕨类植物29科，54属，91种9包括亚种和变种），区系综合系数为-0.592。在相比较的7个山地区系中位居第五，通过对区系组成，性质和特征的分析。表明该区系地理成分复杂多样，属，种均可划分为12种类型（变型），具有较强的亚热带特性；在区系关系上，该区系与黄山，九华山，天目山，庐山区系关系较为密切，而与武夷山，秦岭，长白山区系关系较为疏远。