采用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳检测了重庆缙云山特有植物缙云黄芩7个居群70个个体的过氧化物酶、细胞色素氧化酶、超氧化物歧化酶、淀粉酶和酯酶5种等位酶，获得20个基因位点的资料，由此分析了其遗传分化水平。结果表明：缙云黄芩遗传多样性水平较高，多态位点比率P为45．7％，平均每个多态位点的等位基因数目A为1．46，平均预期杂合度He为0．205，平均观察杂合度Ho为0．352。缙云黄芩居群间遗传分化水平较高，Gst=0．401，居群间遗传一致度和遗传距离的平均值分别为0．741和0．300。缙云黄芩遗传多样性的40．1％来源于居群之间的基因差异，59．9％属于居群内的遗传分化，因而对缙云黄芩遗传多样性的保护，应保护其较多的居群。