岷江上游流域在地理位置上位于青藏高原、四川盆地两个自然地理区域的过渡地带；其在植被分区上属于泛北极植物区中国—喜马拉雅森林植物亚区横断山脉地区的一部分。区内共有种子植物169科，726属，2162种。其中大科、大属在区系组成中起着非常重要的作用。该区种子植物区系包含有15种分布区类型及其14个变型，其中泛热带分布、北温带分布、旧世界温带分布、东亚分布等成分占有重要地位。其种子植物区系的主要特征为：地理过渡特征明显，区系成分新老并存；区系地理成分复杂，以北温带成分为主；沿海拔梯度植物区系地理成分差异显著。在该区未来的生态建设中，应充分利用其植物区系的基本特征，保护现有物种，并充分利用当地具有特殊抗性的珍贵物种资源和遗传资源。