活性氧(ROS)的产生是需氧代谢不可避免的结果。在植物细胞中，线粒体电子传递链(ETC)的复合物Ⅰ和Ⅱ是ROS产生的主要的部位。交替氧化酶和可能的内源鱼藤酮不敏感的NADH脱氢酶通过保持ETc的相对氧化状态限制线粒体产生ROS。线粒体基质中的抗氧化酶系统与小分子量的抗氧化剂一道起ROS的解毒作用。ROS除了引起细胞的伤害外，在植物中还能够作为一种普遍存在的信号分子起作用。在低浓度时，ROS能诱导防御基因的表达和引起适应反应；在高浓度时，引起细胞死亡。一氧化氮是植物合成和释放的一种气体，也可作为信号分子调节植物的生长和发育。