2002年4～10月对密云水库浮游生物群落的调查结果显示：浮游植物有6门，58属，122种，细胞密度为565．30～10^4cells／L,4月份硅藻(Bacillariophyta)占优势，6～10月蓝藻(Cyanophyta)占绝对优势．浮游植物优势种群有水华微囊藻(Microcystis flas-aquae)、颗粒直链藻(Melosira granulata)、梅尼小环藻(Cyclotella meneghiniana)、角甲藻(Ceratium hirundinella)等。浮游动物有36种，密度为4761ind/L；浮游动物具有原生动物在数量上占绝对优势．轮虫次之，枝角类与桡足类数量较少的特点。浮游动物的优势种群有弹跳虫(Halteria grandinella)、急游虫(Stromlridium uiHde)、针簇多肢轮虫(Polyarthra trigla)、螺形龟甲轮虫(Keratella cochlearis)、广布中剑水蚤(Mesocyclops leuckarti)、长额象鼻蚤(Bosmlna longirostris)等．与1980年监测结果相比，密云水库浮游生物总密度上升较快，群落结构和优势种群也发生了明显变化．浮游生物优势种群的指示作用显示，在植物生长季节，库区水体已进入富营养状态。