在长期进化过程中，植物形成了一系列防御机制，抵抗各类病原物入侵，抗病R基因在其中发挥着关键作用。R基因的研究，在农作物中取得很大进展，已成为植物病理学的研究热点。相比之下，树木抗病基因研究较为落后，虽从苹果、杨树和柚子中已分离了几个与已知R基因具有类似结构与功能的基因，但还没有真正的树木抗病R基因被克隆出来；目前，大部分研究主要集中在利用分子标记构建连锁图谱，寻找抗病数量性状位点（Quantitative trait loci，QTL）和与R基因紧密连锁或共分离的质量性状标记；其中一些标记已经应用在分子辅助选育中，并显示了诱人的应用前景。另外，利用已知抗病R基因的保守区域，从多种植物中已扩增出许多抗病基因类似序列，它们大多被转化为与R基因紧密连锁的标记或被当作抗病候选基因。