三萜皂甙是中药三七（Panax notoginseng）的主要有效成分,为阐明三七三萜皂甙合成途径中法呢基焦磷酸合酶（FPS）的结构特征,采用RT-PCR及3-＇RACE和5′-末端分析法,对三七FPS进行克隆,获得三七FPS cDNA全长,已提交GenBank,登录号为DQ059550;结合生物信息数据库及相关分析软件,对三七根FPS进行性质预测,并与GenBank中记载的植物FPS进行比对分析,构建了植物FPS系统进化树,进行聚类关系分析,根据FPS聚类关系将这些植物异戊二烯类物质合成途径的产物分组.结果表明,植物FPS有2个保守核心区,分别为DDIMD和QVQDDYLD;比对分析及构建的系统进化树表明,三七与人参、积雪草的FPS序列一致性分别为99%、95%,其三萜物质结构也相似.