在离体培养条件下，石刁柏茎与自然条件下的相比，茎端的解剖结构相同，所不同的是离体培养的茎，机械组织发达，木质部中导管排列不规则。离体培养的根与种子根相比变化较大。离体培养的根薄壁细胞大，根为四原型。木质部与韧皮部相对位置不规则，无明显的髓部，中柱与皮层的比例更小。它具有两种起源。其一，起源于茎基产啊节处，根维管束与茎维管束连接，具这类根的再生植株，移栽成活率高；其二，起源于茎基部的切口处愈伤组织，