根系分区灌溉是指仅仅部分根系受到正常的灌溉，其余根系则受到人为的干旱，两项理论根据指出这种措施可减少植物的水分肖耗，并保持一定的生物产量，其一是植物蒸腾失水与气孔导性是线性关系，而光合作用与气孔导性则是一种渐趋饱和的关系，如果气孔导性从最大值适应调低，可显著降低蒸腾，但对光合影响应小得多，其二是处于干燥土壤中的根系可感觉干旱，产生干旱信号来调节地上部分的气孔开度，显然，这项措施在田间有多大效用值得深入研究。 先是大田作物的蒸腾失水仅部分地受气孔控制，界面层的扩散阻力起很大作用。因此该措施可能对界面层阻力较小的，如果树等作用大些，另外，根系干旱信号可否“长期”地产生和调控气孔仍需试验证明。