对苜蓿属28个种和1个草木樨种的核糖体基因的内转录间隔子区（internal transcribed spacer,ITS)的核苷酸序列变异做了分析。黄香草木樨被用作外类群。系统分析产生的进化树与该属传统分类基本一致。本研究提示，黄花苜蓿应与紫色苜蓿列入一种。M.hybrida,M.cancellata和M.prostrata是与栽培苜蓿亲缘关系较近的野生种。研究结果证实先前被称做胡卢巴属的植物种应被归于苜蓿属，而芷蓿属内的Heynianae,Platycarpae和Spirocarpos等族的分类应予以重新考虑。