子午岭林区计有种子植物94科361属689种。其中裸子植物3科8属10种1变种；被子植物91科353属678种。中国特有属8个，特有种271个，子午岭特有种1个。其种子植物区系的基本特征是：植物种类相对丰富；区系成分复杂，多种成分交汇；区系组成以华北成分为主体，以温带成分占优势；南北区系成分存在差异，垂直分布带谱不明显；在中国植物区系上隶属于泛北极植物区中国-日本森林植物亚区的华北地区黄土高原植物亚地区。