种子休眠机理主要围绕透性、抑制剂作用和光敏素转化等方面的研究而建立。种皮的阻碍作用可能是由于种皮的物理或化学特性引起．可导致对水、光、气体或溶质的透性改变。抑制剂作用机理是抑制物质可抵消促进细胞分裂和生长发育的激素的作用。光敏素转化机理来源于与休眠有关的生物活性化学物质的合成、活化或破坏受光诱导的观点，由于发现了光敏素蓝色蛋白的活化型（Pfr）和钝化型（Pr）而得到强有力的支持，种子光休眠取决于光敏素蓝色蛋白的活化型（Pfr）含量和Pfr／（Pr＋Pfr）比值。目前，打破休眠的方法一般有机械破皮法、激素处理法、分子生物学技术法、物理处理法（如激光、烟、热等处理技术）、CO2处理法等。激素的平衡由抑制剂占优势向促进物占优势的变化是打破休眠的决定因素。研究破眠机理的分子生物学技术有多种，包括ABA突变体的利用、分子标记、转基因技术、用反义RAN阻止基因的表达、cDNA克隆技术等。用激光照射种子，把适宜的光射入细胞，可增加细胞生物能，促进种子发育，从而可能打破休眠。热处理的机理是由于加热可以增加种皮的透气性。CO2之所以能提高某些物种的萌发率，在于其影响了种子内部乙烯的敏感性。