比较了目前报道的两种克隆barnase基因的方法——barnase基因的单独克隆和barnase抑制剂基因保护下的barnase基因克隆。分别利用4种质粒进行barnase基因的单独克隆时，得到的阳性克隆数量少。对其中15个阳性克隆进行了测序分析，结果有5个克降出现碱基缺失，1个克隆出现碱基增加，其余9个克隆则出现氨基酸突变，均未得到氨基酸序列完正确的克隆。进一步分析表明这些突变的位点大多直接与保持barnase蛋白的活性位点相关。而在克隆barnase基因之前，预先将barnase基因连同其自身启动了加载于待克隆载体上，随后再进行barnase基因克隆时则容易得到与报道的barnase基因序列完全一致的阳性克隆。分析认为由于barnase基因单独存在时有一定数世的蛋白表达，宿主菌大肠杆菌无法忍受而通过某种方式造成其barnase发生相应突变而无法实现barnase基因的单独克隆。因此有必要利用barnase基因的保护来进行barnase基因相应的克降和遗传操作。