通过野外调查和资料整理分析,哀牢山国家级自然保护区共有蕨类植物48科,118属,446种(包括变种和变型)。优势科为鳞毛蕨科、水龙骨科和蹄盖蕨科,优势属为耳蕨属、蹄盖蕨属、鳞毛蕨属和卷柏属。区系分析结果表明:该蕨类区系是亚热带性质的区系;热带亚洲成分随着海拔的升高,比例逐渐降低,而中国-喜马拉雅成分随着海拔的升高逐渐增加;地理成分的东西坡差异不明显;该蕨类区系与喜马拉雅地区和热带亚洲的关系较密切,而与日本的关系较疏远;该蕨类区系具有较丰富的中国特有成分;哀牢山明显处于滇西北、滇东南这两大中国特有多样性中心之间,成为联系的纽带。