以辣椒矮秆自交系B9431（P1）和高秆自交系‘吉林长椒’（P2）为双亲，构建P1、F1、P1、B1、B2和F2 6个家系世代群体，应用植物数量性状主基因＋多基因混合遗传模型对该6个世代群体株高进行多世代联合分析，结果显示：株高遗传符合1对主基因＋多基因遗传模型，高秆对矮秆表现为不完全显性，F1代株高的势能比值为0．39，显性程度为0．91。B1、B2和F2群体主基因遗传率分别为20．35％、17．20％和35．29％，多基因遗传率分别为5．08％、19．75％和0；主基因效应表现为负向加性效应，其值为-6．43，显性效应为0；多基因加性效应值和显性效应值分别为-8．89和9．77。研究还表明，主基因与多基因间的基因效应存在一定差异，主基因加性效应值相当于多基因加性效应值的72．33％，主基因无显性效应，显性效应是由多基因控制遗传。